Program Studi Matematika S2 USU merupakan satu institusi yang syah dan berdiri sejak tahun 2001 berdasarkan SK no dan beroperasi sejak September 2002. Program Studi Matematika S2 USU adalah kredibel dari segi akademik. Penyelenggaraan Prodi tahun 2010-2015 dipimpin oleh seorang Ketua Prodi yang berpendidikan S3 dan mempunyai jabatan fungsional Guru Besar Operasi Riset dan dibantu oleh seorang sekretaris berpendidikan S3 dan mempunyai jabatan fungsional Guru Besar dalam bidang Kombinatorika. Ketua Prodi dipilih setiap 5 tahun sekali melalui pemilihan terbuka melalui mekanisme sistem penjaringan terbuka sesuai dengan prosedur yang berlaku di USU dan diajukan kepada Dekan Fakultas MIPA USU dan diteruskan ke Rektor USU. Kepemimpinan periode ini ditetapkan Ketua dan Sekretarisnya berdasarkan Surat Keputusan Rektor USU nomor 2993/H5.1.R/SK/SDM/2010 tertanggal 22 Desember 2010. Sistem tata pamong yang dilaksanakan melalui kepemimpinan yang berkualitas, kapabilitas atau kekuatan untuk menimbulkan kepercayaan yang menjamin terwujudnya visi, terlaksananya misi, tercapainya tujuan Program Studi Matematika S2 USU. Penyelenggaraan Prodi merujuk pada SK Dirjen Dikti Nomor 28/DIKTI/Kep/2001 tentang penyelenggaraan program reguler dan non reguler di perguruan tinggi negeri pasal 1, 3, dan 4.